日贡玛位于三江褶皱系与唐古拉褶皱系的交接部位。区域构造走向北西西。纳日贡玛异常分布于二叠系中基—中酸性火山岩组中;并与后期侵入的花岗斑岩体(脉)有关。异常的南部,火山岩组与二叠—三叠系砂岩呈断层接触。
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